该学科是在内蒙古农业大学生物工程、食品工程、生物技术、生物科学和制药工程五个本科专业多年教学科研的基础上成立的，于2003年正式被批准为硕士学位授权点，2004年开始招收硕士生。发酵工程硕士点是内蒙古自治区发酵工程学科唯一的硕士学位授权点。
主要研究方向
1、发酵工程技术应用：从菌种、工艺控制及发酵设备等方面研究发酵技术的实际应用。
2、微生物生理与发酵工程：研究微生物的生理特性，代谢途径及发酵过程中的生理条件。
3、发酵产物分离与分析：研究发酵原料、中间物、产物的性质特征及数量特征，依据相关理论建立其科学可行的分析与分离方法。
